Грамоты, рассылавшиеся Патриархом по городам и селам, возбуждали русский народ к освобождению Москвы от врагов. Москвичи подняли восстание, в ответ на которое поляки подожгли город, а сами укрылись в Кремле. Совместно с некоторыми предателями из бояр они насильно свели святого Патриарха Гермогена с Патриаршего престола и заключили в Чудовом монастыре под стражу. В Светлый понедельник 1611 года русское ополчение подошло к Москве и начало осаду Кремля, продолжавшуюся несколько месяцев. Осажденные в Кремле поляки не раз посылали к Патриарху послов с требованием, чтобы он приказал русским ополченцам отойти от города, угрожая при этом ему смертной казнью. Святитель твердо отвечал:
«Что вы мне угрожаете? Боюсь одного Бога. Если все вы, литовские люди, пойдете из Московского государства, я благословлю русское ополчение идти от Москвы, если же останетесь здесь, я благословлю всех стоять против вас и помереть за Православную веру».
Уже из заточения Гермоген обратился с последним посланием к русскому народу, благословляя освободительную войну против завоевателей.
17 февраля 1612 года, не дождавшись освобождения Москвы, умер от голода.